Muzej JKC se nahaja v dveh ločenih prostorih v naši stavbi. “Zlata soba” v pritličju vključuje strop iz lesenih tramov, ki so nastali med 16. in 18. stoletjem, na katerih visi tudi starinska luč iz beltinške sinagoge. Obiskovalci si lahko ogledajo tudi celotno zbirko Iconotheca Valvasoriana. V zgornjem nadstropju, zraven sosednje knjižnice JKC, je glavni muzejski prostor za stalne razstave, kjer so na ogled judovski predmeti iz vse Slovenije in umetniška dela, ki prikazujejo judovsko življenje v Ljubljani. Razstavljene so številne slike in grafike Barda Iucundusa in Antona Karingerja. V muzeju prav tako najdejo mesto potujoče razstave, kot je bila razstava Antimasonski plakati, ki je sovpadala s 1. Festivalom strpnosti v februarju 2015 (slika zgoraj).